À la suite des précédents événements, Jim Gordon est rétrogradé comme simple policier. Bruce et Alfred dénichent au sein du Manoir une pièce secrète contenant un ordinateur ayant des données sur Wayne Enterprise. Avec l'aide de Lucius Fox, le jeune milliardaire va de découvertes en découvertes : Wayne Enterprise serait à l'origine de manipulations génétiques au cœur d'Indian Hill, une division de l'entreprise en contact avec l'asile d'Arkham que son père voulait fermer définitivement. A la venue d'un nouveau notable puissant nommé Théo Galavan, une vague de crimes déferle sur Gotham. Elle aura de graves répercussions sur la pègre ainsi que ses concitoyens.
Épisode 1
Tandis que Bruce en apprend davantage sur les secrets de son père décédé, Gordon s'allie à contrecœur avec Oswald Cobblepot.
Épisode 2
Gordon mène l'équipe lancée à la recherche des évadés d'Arkham. De son côté, Alfred prend des mesures extrêmes pour protéger Bruce.
Épisode 3
Alfred persuade Bruce d'assister au gala de charité d'un hôpital pour enfants, mais l'événement s'achève brusquement sur une note sinistre.
Épisode 4
Une tragédie dans son département déclenche la promotion de Gordon et le pousse à confirmer sa détermination à combattre le mal. Galavan déploie son plan pour Gotham.
Épisode 5
La criminalité explose à Gotham quand le Pingouin et Galavan font alliance avec une famille d'incendiaires. Une vieille querelle resurgit entre les Galavan et les Wayne.
Épisode 6
Déboussolée, Bridgit se demande quoi faire, tandis que le Pingouin et Galavan continuent leur quête mortifère du pouvoir.
Épisode 7
Plein d'amertume, Pingouin jure de libérer sa mère, retenue prisonnière. Peu de temps après leur première rencontre, Silver et Selina se disputent au sujet de Bruce.
Épisode 8
Barbara sort d'un cauchemar glaçant, tandis qu'un Galavan assoiffé de pouvoir fait à Bruce une offre difficile à refuser.
Épisode 9
La face sombre de Gordon inquiète terriblement Lee qui le fait savoir. Edward soigne le Pingouin blessé et en profite pour lui demander conseil.
Épisode 10
Selina et Bruce renouvellent leur partenariat. Quant à Gordon, il est plus décidé que jamais à maintenir Galavan derrière les barreaux.
Épisode 11
Quand Bruce est enlevé, Gordon se tourne vers un allié improbable pour empêcher Galavan de se venger des Wayne.
Épisode 12
Gordon se prépare à un important témoignage. Pendant ce temps, un nouveau vilain glaçant apparaît à Gotham, doté du pouvoir de donner la mort par congélation...
Épisode 13
Alfred confie ce qu'il a appris sur l'homme qui a tué les parents de Bruce. La police se prépare à enfermer un nouveau détenu à l'asile d'Arkham.
Épisode 14
Le Pingouin continue son travail avec Hugo Strange, persuadé d'être capable de “soigner” son agression. Bruce est déterminé à retrouver le meurtrier de ses parents.
Épisode 15
Gordon et Bullock enquêtent sur le cambriolage d'un musée, tandis que le Pingouin retrouve des amis de longue date.
Épisode 16
Gordon goûte à la vie de prison, et Bullock donne une nouvelle dramatique. De son côté, le Pingouin doit gérer sa difficile famille.
Épisode 17
Acculé, Gordon travaille à laver sa réputation, tandis que le Pingouin découvre l'incroyable vérité concernant la mort de son père.
Épisode 18
Barbara essaie de se rapprocher de Gordon et de reprendre leur relation. Bruce et Alfred se mettent à la recherche de l'un des anciens associés de Thomas Wayne.
Épisode 19
Tandis que Gordon interroge le professeur Strange sur un programme ancien nommé "La ferme de Pinewood", un dangereux nouveau vilain s'apprête à attaquer la ville.
Épisode 20
Le vœu d'Azraël de tuer Gordon pousse le Pingouin à sortir de sa cachette, mais c'est Bruce qui devient rapidement sa nouvelle proie.
Épisode 21
Aidé de Gordon, Lucius et Alfred, Bruce part à la rescousse de Selina. Mais avant toute autre chose, il leur faut trouver le labo secret du professeur Strange.
Épisode 22
Gordon subit une transformation suite à l'administration d'une drogue dans le labo du professeur Strange, tandis que de nouvelles menaces planent sur Gotham.